Il a été condamné le 2 juillet 2013 à l’issue du procès collectif de 94 militants (procès des «94 Émiriens»).
En compagnie d'autres avocats, de juges, d'universitaires, d'étudiants et de militants, il figure parmi les 69 personnes (sur 94) condamnées à des peines de prison, allant de sept à quinze ans, par la chambre de la Cour suprême fédérale d'Abou Dhabi, chargée des affaires concernant la Sûreté de l'État. Dans une atteinte inouïe à la liberté d'expression et à la liberté d'association, destinée à étouffer les appels en faveur de réformes démocratiques aux Émirats arabes unis, toutes ces personnes ont été déclarées coupables de tentative de coup d'État, au terme d'un procès inique à caractère politique.
Mohammed al Roken est un prisonnier d’opinion. Amnesty International demande sa libération immédiate et sans conditions.